超净台的工作原理是由风机从环境中吸入空气，先经过称为“初效过滤器”的一块类似泡沫塑料的天井棉，将空气中的大颗粒尘埃过滤掉；然后再通过被称为“高效过滤器”的HEPA滤膜，将剩余的大于0.3微米的小颗粒尘埃滤去。通过两层的过滤，进入超净台腔内工作区域的空气达到100级的无尘标准，由于细菌等微生物在空气中只能附着尘埃存在，故超净台在达到无尘的同时也做到了无菌。