废水的处理方法，一般有物理法、化学法、生物法。物理法主要利用物理作用以分离废水中的悬浮物；化学法主要利用化学反应来处理废水中的溶解物质或胶体物质；生物法是利用微生物的作用去除废水中的胶体和溶解中的有机物质。上述三种基本处理方法各有其特点和适用条件。实验室排出的废水所含的成分和性质比较复杂，有的甚至毒性较大，故处理方法各不相同。对于某种废水采用何种方法处理，单一方法处理或联合几种方法处理，应视废水的水量、成分、排放要求及回收利用可能性等经分析比较后确定。
在废水排入地面水体中要按排放要求来确定处理程度，同时应结合水体的自净能力，通常根据有害物质和溶解氧的指标来确定水体的容许负荷，即排入水体的容许浓度。